1999年12月28日，正式挂牌成立。

2000年2月2日，召开一届一次监管会会议。

2000年2月20日，与首家合作银行深圳市商业银行签订合作协议。

2000年4月26日，中心第一个贷款担保项目正式签约。

2000年6月2日，国家经贸委中小企业司副司长狄娜视察担保中心。

2000年7月18日，担保中心Internet网站(www.szcgc.com)开通启用。

2000年11月16日，福田区科技局就科技三项经费委托贷款担保事宜与担保中心签订合作协议。

2001年4月，为进一步解决中小企业、特别是小企业融资难问题，中心启动小额委托贷款业务。

2001年4月28日，中心被国家经贸委列入全国中小企业信用担保体系试点范围的担保机构名单，为广东省唯一入围的担保机构。

2002年7月5日，市财政局、市经贸局与担保中心签订挖潜改造资金合作管理协议，将政府专项挖潜改造资金委托担保中心进行资金发放和回收管理。

2002年10月11日，国家经贸委中小企业司狄娜副司长、财政部企业司郑卫民司长一行七人及市经贸局、财政局相关人员考察担保中心。

2002年12月30日，担保中心作为首席发起人联合本市其它三家担保机构、七家商业银行、四十二家中小企业、两家协会等单位发起成立的深圳市中小企业信用互助协会正式挂牌。

2003年1月9日到10日，由担保中心发起的“十四省市中小企业信用担保机构负责人联席会议”在深圳银湖宾馆召开，国家经贸委中小企业司副司长狄娜等领导到会听取了与会代表的发言并作指导。

2003年1月29日，担保中心与深圳市华融投资担保有限公司在国内率先签订了《再担保合作协议书》，首创全国市中小企业信用担保为同城商业担保机构进行再担保服务，首创全国市中小企业信用担保为同城商业担保机构进行再担保服务。

2003年2月26日，南山分部正式成立，拉开担保中心为中小企业提供“零”距离服务的序幕。

2003年4月28日，全国政协常委厉有为同志到担保中心视察。

2003年7月28日，担保中心子公司--深圳市金鼎信典当行有限公司正式营业。

2003年9月3日，中心与深圳市恒泰丰科技有限公司合作开发的担保业务管理系统（GMIS）正式启用。

2003年10月16日，担保中心推出第一批48家中小企业“诚信榜”。

2003年10月，担保中心相继成立龙岗、宝安和罗湖分部。

2003年11月4日，担保中心受托管理福田区民营企业发展专项资金。

2004年1月8日，《深圳特区报》和《深圳商报》刊登了“担保中心成立四周年”专题报导。

2004年1月11日，国家发改委副主任欧新黔、中小企业司司长苏波、副司长狄娜等一行在广东省中小企业局局长刘焕泉及深圳市经贸局副局长王晓星的陪同下视察了担保中心。

2004年1月16日，担保中心的《“四全”风险管理体系》荣获深圳市第四届现代化管理创新成果一等奖。

2004年5月27日，国家发改委中小企业对外协调中心袁普主任到中心视察工作。

2004年6月30日，担保中心党支部被命名为市直机关系统固本强基工程示范点。

2004年7月16日担保中心推出第二批中小企业“诚信榜”，此次共有55家中小企业上榜。

2004年9月9日，国家开发银行深圳市分行与担保中心签署了合作协议。自此，担保中心的合作银行（总行或分行级）已达13家，服务网点480多个。

2004年9月11日至9月26日，担保中心作为国家发改委指定的全国信用担保机构孵化器培训基地之一主办了两期中小企业担保服务高级研修班。来自全国16个省、市、自治区的21家担保机构共30名高层管理人员参加了研修班。

2004年12月15日，福田分部成立。

2004年12月15日，担保中心“中小企业信用担保风险管理体系的构建”荣获国家级企业管理现代化创新成果一等奖。

2004年12月16日，担保中心二届一次监管会召开。